A várakozásoknak megfelelően az Európai Bizottság bejelentette, hogy pert indítanak Magyarországgal szemben a szuverenitásvédelmi törvény és különösen a Szuverenitásvédelmi Hivatal működése miatt. „Az Európai Bizottság a mai napon úgy határozott, hogy keresetet indít a Bíróságon Magyarország ellen, mert úgy véli, hogy a nemzeti szuverenitás védelméről szóló törvénye uniós jogot sért” – ez a döntés lényege. Az indokolás szerint a magyar törvény létrehozza a „Szuverenitásvédelmi Hivatalt”, amelynek feladata feltárni és vizsgálni az állítólag más állam, valamint külföldi szerv vagy szervezet és természetes személy érdekében végzett meghatározott tevékenységeket, ha azok Magyarország szuverenitását állítólagosan sérthetik vagy veszélyeztethetik. Valamint azon szervezeteket is feltérképezi és vizsgálja, amelyek külföldről származó támogatás felhasználásával olyan tevékenységet folytatnak, amely állítólag befolyást gyakorolhat a választások kimenetelére vagy a választói akaratra.
2024 februárjában a Bizottság felszólító levelet intézett Magyarországhoz, amelyben kifejtette aggályait. Mivel a Bizottság nem találta megfelelőnek a felszólító levelére Magyarország által küldött választ, a Bizottság 2024 májusában elküldött indokolással ellátott véleményében megismételte az Európai Unió Alapjogi Chartájában, a belső piac alapvető szabadságaiban és az uniós adatvédelmi jogszabályokban foglalt alapvető jogok megsértésével kapcsolatos kifogásait. Ezen indokolással ellátott véleményre adott válaszában Magyarország azt állította, hogy a szuverenitás védelméről szóló törvény nem sérti az uniós jogot, és a felvetett aggályok megalapozatlanok.
Az Európai Bizottság „a magyar hatóságok válaszának gondos értékelését követően” megállapította, hogy a kifogások többsége továbbra is fennáll s azokat nem sikerült orvosolni. Ezek a kifogások az Európai Unió Alapjogi Chartájában rögzített számos alapvető jog megsértésével kapcsolatosak: a magán- és a családi élet tiszteletben tartásához való jogot, a véleménynyilvánítás és a tájékozódás szabadságát, az egyesülés szabadságát, az ügyvédi titoktartáshoz való jogot, valamint az ártatlanság vélelmét és az abból következő önvádra kötelezés tilalmát érintik. A Bizottság úgy véli továbbá, hogy a törvény sérti a belső piac számos alapszabadságát, az elektronikus kereskedelemről szóló irányelvet, a szolgáltatási irányelvet, valamint az uniós adatvédelmi jogszabályokat. Ugyanakkor az Európai Bizottság nem látta indokoltnak, hogy a jogszabály alkalmazását felfüggessze, amelyre akkor van lehetőség, ha visszafordíthatatlan károk bekövetkezése fenyegetne. Ehelyett azt ígért a testület szóvivője, hogy szorosan nyomon követik a fejleményeket.
